Yui Yamada und Tomoka Kase könnten kaum unterschiedlicher sein. Während Yui eher schüchtern und zurückhaltend ist und sich um den Schulgarten kümmert, ist Tomoka der Leichtathletik-Star
der Schule. Trotzdem verlieben sich die beiden Mädchen ineinander. Was als unschuldige Romanze beginnt, wird schnell zu einer handfesten Beziehung, die beide vor ungeahnte Schwierigkeiten stellt. Wie hält man die Beziehung vor Eltern, Lehrern und Mitschülern geheim? Und wie entscheidet man sich für eine Universität, wenn das bedeutet, dass man sich vielleicht räumlich voneinander trennen muss?
Kase-san and Morning Glories behandelt weniger die Kennenlern-Phase als vielmehr die Schwierigkeiten einer beginnenden gleichgeschlechtlichen Beziehung.